由于细胞壁等因素的限制，植物的单细胞研究要稍晚于动物领域，目前植物单细胞文章主要是针对少量单细胞转录组异质性的研究，高通量水平还未应用到植物领域。2019年2月4日，美国密歇根大学John Schiefelbein实验室在线发表了拟南芥高通量单细胞转录组（scRNA）研究文章，发表杂志为Plant Physiology（IF=5.949），这也是第一篇将10x Genomics scRNA测序应用在植物中的发表文献。
植物10x Genomics scRNA-seq一个很大的限制因素是无法获得高活力的原生质体，下面给出了上述文献中拟南芥根组织原生质体的制备流程，供参考，实际操作时需要根据研究的组织类型，对实验条件进行优化，例如解离酶的选择、解离酶的处理时间等。
1、溶液准备
清洗液：0.4 mM 甘露醇（Mannitol）、20mM MES (pH 5.7)、20 mM KCl、10mM CaCl2、0.1% (w/v) BSA；
酶解液：1.25% (w/v) 纤维素酶Cellulase("ONOZUKA" R-10, Yakult)、0.1% (w/v)果胶酶Pectolyase (P-3026, Sigma-Aldrich)、0.4 mM Mannitol、20mM MES (pH 5.7)、20 mM KCl、10mM CaCl2、0.1% (w/v) BSA。
2、原生质体悬液制备
1） 取拟南芥根尖，切碎，70-μm滤器过滤；
2） 置于35 mm培养皿中，加入酶解液；
3） 放入恒温摇床（85 rpm），25°C酶解1h；
4） 500 g 离心10 min；
5） 离心，加入500 μL清洗液洗涤；
6） 40μm细胞滤器过滤原生质体悬液后，200g离心 6 min；
7） 清洗液重悬，确定原生质体浓度，冰上放置，可进行10x上机标记。
